È difficile immaginare oggi che la musica di J. S. Bach sia caduta nell'oblio per circa mezzo secolo dopo la morte del compositore. I suoi successori alla Thomaskirche preferirono composizioni omofoniche più semplici, e all'inizio del XIX secolo la sua musica servì solo come argomento di studio accademico. Il compositore e insegnante Carl Friedrich Zelter apprezzò molto l'arte contrappuntistica di Bach e la trasmise al suo allievo Felix Mendelssohn che, all'età di dodici anni, era diventato un maestro dell'arte della fuga. Due anni dopo, il giovane Felix avrebbe ricevuto il suo regalo più prezioso, una partitura copiata a mano della Passione di San Matteo di Bach. Con Zelter al suo fianco, nel 1829 ne diede la prima esecuzione (dopo la morte di Bach) con i musicisti della Singakademie di Berlino.

Si trattava di un'impresa ambiziosa, non solo per la complessità della musica di Bach, ma anche per la scarsa familiarità con la prassi esecutiva barocca dell'epoca (dimensioni della strumentazione, strumenti barocchi, ornamenti, ecc.

Passarono dodici anni prima che Mendelssohn facesse un altro tentativo di eseguire la "Grande Passione", come la chiamava lui, questa volta come parte di una serie di Bach nella Thomaskirche di Lipsia. Per questa esecuzione, Mendelssohn ripristinò alcune arie che aveva eliminato nel 1829 e rielaborò i recitativi secchi in modo da non richiedere alcuno strumento a tastiera. Questa versione del 1841 seguiva ancora una concezione più breve dell'opera e comprendeva circa due terzi dell'originale, più o meno le stesse dimensioni della Passione di San Giovanni. Ciò che Mendelssohn lasciò alla sua morte, avvenuta pochi anni dopo, deve essere visto come una "versione in corso d'opera", alla quale aveva certamente intenzione di continuare a lavorare.

La nuova edizione Bärenreiter ritorna alla visione unica di Mendelssohn del capolavoro di Bach. Riunendo ciò che Mendelssohn aveva abbozzato e includendo integrazioni ad alcune parti da parte dell'editore, l'opera viene ora presentata nella sua forma ridotta, con la parte rivista dell'Evangelista (nei recitativi secchi con accompagnamento orchestrale), con i clarinetti che sostituiscono l'oboe d'amore e con un suggerimento per la parte continua mancante (che era stata iniziata per l'organo della Thomaskirche ma che rimase incompiuta o andò perduta). La nuova edizione mostra non solo la fantasiosa reinterpretazione dell'originale da parte di Mendelssohn, ma anche la versatilità della musica di Bach nelle sue mani. In un'epoca in cui Bach è suonato quasi esclusivamente da ensemble barocchi, questa edizione offre loro l'opportunità di eseguire una delle più grandi opere di Bach da una prospettiva ottocentesca.