Le opere di Emilie Mayer coprono un numero notevole di questi generi "poco femminili": 8 sinfonie, 7 ouverture da concerto (tra cui la fortunata ouverture del Faust op. 46), un concerto per pianoforte, un "Rondo militaire" e un'ampia opera
di musica da camera per archi e pianoforte. Ciò che caratterizza la classificazione cronologica e stilistica delle opere di Emilie Mayer è la sua occupazione di uno o pochi generi per un periodo
più lungo. Inizialmente scrisse soprattutto Lieder con voce cantata, in sintonia con il suo maestro Loewe. Anche la prima e la seconda sinfonia risalgono al periodo iniziale trascorso a Stettino negli anni Quaranta del XIX secolo. La Sinfonia no. 3 in si minore, scritta nel 1850, rivela un interesse per il linguaggio tonale di Beethoven, che si ritrova anche nei quartetti per archi. Gli otto quartetti per archi contenuti nel lascito furono scritti prima del 1858. L'inclinazione compositiva della Mayer verso Beethoven era motivata e sostenuta dal suo insegnante Adolf Bernhard Marx, che ancora in questo periodo esercitava una notevole influenza su di lei.